הזדהות משרד החינוך 
ביה"ס בן גוריון פועל באמצעות צוותי עבודה שונים, אורכיים ורוחביים, אותם מובילים בעלי תפקידים שונים, הפועלים בשיתוף, להשגת המטרות השונות והרבות העומדות על הפרק.
צוות הנהגה מצומצם
חברי ההנהלה המצומצמת מופקדים על תחומים המאפשרים להם ראייה פנורמית בתחומם. ההנהגה המצומצמת מורכבת ממנהלת ביה"ס, סגנית מנהלת, יועצת ביה"ס, פסיכולוגית בית הספר ורכזת ייחודיות.
צוות הנהגה מורחב
צוות ההנהגה כולל את צוות ההנהגה המצומצם, רכזות השכבה ורכזי המקצוע.
בעלי תפקידים אלו, אחראים על תחומי העשייה החינוכית, חברתית, לימודית וטיפולית בביה"ס.
